Pierwszą grupę tworzą klerycy kursów I i II, a nazwano ją: Nazaret. I już sama nazwa mówi sporo o specyfice tej grupy – bracia nieobłóczeni mają w pewnym sensie wieść życie ukryte w swoim seminaryjnym Nazarecie. Oznacza to, że będą oni stosunkowo dużo czasu spędzać w budynku WSD, a ich kształcenie będzie skupiać się głównie na modlitwie i rozeznawaniu swojego powołania. Temu mają służyć praktyki pobożnościowe, takie jak medytacja lectio divina czy adoracja Najświętszego Sakramentu. Najmłodsi klerycy przez okres dwóch lat dojrzewają do decyzji o przyjęciu sutanny i dalszej formacji w Seminarium. Opiekunem Nazaretu jest ks. Prorektor Jacek Kacprzak.
Kolejną grupę, która nazywa się Tabor, tworzą alumni studiujący na roku III i IV. Jej cechą charakterystyczną jest z jednej strony przygotowanie się do podjęcia posług lektoratu (III rok) i akolitatu (IV rok), a z drugiej – zaangażowanie w różne akcje duszpasterskie i charytatywne, prowadzone na terenie archidiecezji. Formatorem Taboru jest ks. Prefekt Marcin Jarzenkowski.
Wreszcie, alumni roku V i VI tworzą grupę o nazwie Wieczernik. Również w tym wypadku, nazwa sporo nam mówi o specyfice zespołu. Polega ona na bezpośrednim przygotowaniu do przyjęcia kandydatury, a potem święceń diakonatu i prezbiteratu. Ta grupa zajmuje się szeroko pojmowanym duszpasterstwem, z naciskiem na akcje ewangelizacyjne i powołaniowe, pracę z młodzieżą (m.in. poprzez przygotowanie rekolekcji w szkole). Opiekunem Wieczernika jest ks. Prefekt Paweł Bogusz.
Każda z trzech grup ma swój pokój do rekreacji i spotkań wspólnotowych. Wyżej wymienione i opisane grupy mają również odrębny program formacyjny w cztery dni tygodnia: we wtorki, środy, piątki i soboty; w te dni każda ze wspólnot organizuje czas według własnych potrzeb i specyfiki. Oznacza to, że spotykają się one w swoim gronie na Mszach świętych, brewiarzu, adoracjach i innych nabożeństwach. W pozostałe dni – a zatem w poniedziałki, czwartki i niedziele – obowiązuje program wspólny. To unikatowe rozwiązanie sprawia, że jesteśmy w jakimś sensie wyjątkowym Seminarium.