Wybuch wojny we wrześniu 1939 r. i potem okupacja niemiecka były ciężkimi ciosami w życiu całej diecezji łódzkiej, szczególnie jednak Seminarium Duchowne poniosło niepowetowane straty. Dnia 25 listopada 1939 r. hitlerowcy usuwają z gmachu rektora, profesorów i alumnów, grabiąc wszystkie urządzenia, mienie ruchome, a nawet rzeczy osobiste. Mimo to jednak Seminarium nie rezygnuje z dalszego prowadzenia studiów. Decyzją władzy diecezjalnej Seminarium zostaje przeniesione do Szczawina, gdzie znajdował się dom biskupi, w którym alumni w okresie przedwojennym spędzali wakacje. Wszyscy zdawali sobie jednak sprawę, że okupanci niemieccy nawet w oddalonym od Łodzi Szczawinie nie pozostawia w spokoju profesorów i alumnów Seminarium. Przewidywania te miały, niestety, sprawdzić się w bardzo krótkim czasie. Dnia 28 lutego 1940 r. gestapo kładzie kres działalności Seminarium w Szczawinie. Alumni, po spisaniu wszystkich personaliów, zostali skierowani do domów rodzinnych, ale i tam po pewnym czasie wielu z nich zostało aresztowanych i osadzonych w więzieniu. Inni, którym udało się uniknąć aresztowania, szukali schronienia w Seminariach duchownych na terenie tzw. Generalnej Guberni: w Sandomierzu, Krakowie, Kielcach, czy Ożarowie k. Warszawy, gdzie mogli kontynuować studia. Profesorowie, chociaż chwilowo nie zostali aresztowani, padli jednak ofiarą masowych represji, jakie miały miejsce wobec duchowieństwa polskiego w dniu 6 października 1941 r. na terenach wcielonych do III Rzeszy. Osadzeni w obozach koncentracyjnych, głównie Dachau, wielu z nich poniosło śmierć. Byli to: wicerektor ks. Stanisław Szydłowski, ojciec duchowny ks. Kazimierz Skoczylas oraz profesorowie: ks. Władysław Grzelak (senior), ks. Władysław Grzelak (junior), ks. Adam Nebeski i ks. Zygmunt Muszyński. W Oświęcimiu zginął ks. Ferdynand Jacobi, były rektor Seminarium Duchownego w Łodzi.

Mimo tylu ofiar, jakie poniosło grono profesorskie Seminarium, mimo grabieży i dewastacji dokonanych podczas okupacji w samym gmachu i zupełnego zniszczenia biblioteki seminaryjnej, kiedy umilkły działania wojenne rozpoczęła się mozolna praca nad przywróceniem diecezjalnej uczelni duchownej warunków do normalnej egzystencji. Już 1 września 1945 r. Seminarium Duchowne wznawia swoją działalność. Wobec chwilowego zajęcia gmachu przy ul. Stanisława 14 przez Szkołę Oficerską Milicji Obywatelskiej, Seminarium znajduje prowizoryczne pomieszczenia w domach diecezjalnych przy ul. ks. Skorupki 1a i 5. Na jego czele staje ks. dr Antoni Woroniecki. Najważniejszym zadaniem, jakie obecnie stało przed kierownictwem Seminarium i władzą diecezjalną był powrót uczelni do jego własnego gmachu. Kiedy władze państwowe w dniu 23 grudnia 1947 r. zwróciły budynek przy ul. Stanisława 14 dopiero wtedy przed Seminarium zarysowała się perspektywa normalnej pracy. Po przeprowadzeniu niezbędnych remontów dnia 2 lutego 1948 r. przy udziale przedstawicieli całego społeczeństwa łódzkiego, odbyła się uroczysta akademia inaugurująca zajęcia w odzyskanym gmachu. Był to niewątpliwie ważny moment w historii łódzkiego Seminarium, gdyż wyznaczał on dalsze lata pracy spokojnej, ale niezwykle wytężonej, aby łódzka uczelnia duchowna, zdruzgotana pod ciosami okupantów niemieckich, mogła odzyskać wysoką rangę intelektualną jako prężny ośrodek formacji duchowo – intelektualnej przyszłego duchowieństwa diecezji łódzkiej.