Opróżniony budynek wymagał jednak kapitalnego remontu i adaptacji gmachu do nowych potrzeb. Kiedy prace były już poważnie zaawansowane biskup Tymieniecki wydaje 9 sierpnia 1921 r. dekret erygujący łódzkie Seminarium Duchowne, obierając jego patronem św. Stanisława Kostkę, patrona katedry i diecezji. W kilkanaście dni później, 25 sierpnia, odbyły się egzaminy wstępne pierwszych kandydatów do Seminarium, natomiast początek nowego roku akademickiego został wyznaczony na dzień 10 września tegoż roku. W dniu tym alumni nowo przyjęci w liczbie 63, co jak na początek i możliwości lokalowe Seminarium było liczbą dosyć wysoką, po mszy św. odprawionej w kaplicy seminaryjnej przez biskupa Tymienieckiego rozpoczęli normalne zajęcia. Byli to przeważnie mieszkańcy Łodzi i regionu łódzkiego, z których część studiowała dotychczas w seminariach innych diecezji. Wracając obecnie do Łodzi, do nowo utworzonej diecezji i Seminarium, dawali nadzieję, że potrafią zrozumieć specyfikę tego włókniarskiego miasta i wyjątkowy charakter jego duszpasterstwa.
Pierwszym rektorem Seminarium Duchownego w Łodzi został ks. Jan Krajewski, wieloletni profesor Seminariów Duchownych: w Kielcach i w Warszawie, który swoją wiedzę i doświadczeniem gwarantował należyte pokierowanie łódzką uczelnią. Tymczasem zadania, które stały przed kierownictwem i profesorami Seminarium były niezwykle poważne. Przede wszystkim chodziło o uzyskanie należytego poziomu studiów, aby początkowo czteroletni, a później pięcioletni okres ich trwania mógł zapewnić absolwentom wszechstronne wykształcenie filozoficzne i teologiczne. To, że cel ten został osiągnięty może świadczył fakt, iż w 1938 Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego przyznało łódzkiemu Seminarium Duchownemu pełne prawa, jakimi cieszyły się wszystkie ówczesne wyższe zakłady naukowe w Polsce. Wraz z wysiłkiem, aby uzyskać należyty poziom studiów, szła także w parze praca nad rozbudową samego gmachu Seminarium. W latach dwudziestych nadbudowano dwa piętra, zaś w 1938 r. dobudowana została sala od strony ogrodu. W tak rozbudowanym Seminarium mogła również znaleźć należyte pomieszczenie stale powiększająca się biblioteka, która była niezbędnym zapleczem naukowym dla normalnego przebiegu studiów. Od skromnych początków w 1921 r. jej zasoby osiągnęły w 1939 r. dosyć imponującą liczbę ok. 30 tys. tomów. Rozbudowa gmachu, osiągnięcie należytego poziomu studiów, a także stworzenie odpowiedniego zaplecza naukowego – to z pewnością ważne osiągnięcia okresu międzywojennego w historii łódzkiego Seminarium Duchownego. Było to niewątpliwie zasługą kierownictwa Seminarium i całego grona profesorskiego, a w szczególności kolejnych rektorów: ks. Jana Krajewskiego (1921 – 1926), ks. Włodzimierza Jasińskiego (1926 – 1930), ks. Ferdynanda Jacobiego (1930 – 1932) i ks. Józefa Dzioby (1932- 1940).